Сайт, как правило имеет навигационное меню. Статические сайты, при посещении поискового робота, имеют преимущество перед сайтами с динамическим ядром, т. к. легче и быстрее индексируются. Если Ваш сайт динамический, создайте карту сайта или продублируйте навигацию на простом HTML. Нельзя располагать ссылки, как внутренние, так и внешние, внутри скриптов. Помните, что поисковые машины не умеют читать скрипты и страница, ссылка на которую расположена внутри скрипта, останется для поискового робота неизвестной.